Materyal jel elektroforezi ile ayrıldıktan sonra DNA'yı görselleştirmek ve fotoğraflamak için kullanılabilecek birkaç farklı leke vardır. Birçok seçenek arasından, bu beş suş, en yaygın kullanılan Ethidium bromür ile en yaygın başlangıcıdır. Bu süreçle çalışırken, sadece suşlar arasındaki farklılıkları değil, doğal sağlık risklerini de bilmek önemlidir.
01 Ethidium Bromür
Etidyum bromür muhtemelen DNA'yı görselleştirmek için kullanılan en iyi bilinen boyadır. Bu boya jel karışımında, elektroforez tamponunda kullanılabilir veya çalıştırıldıktan sonra jeli boyayabilir. Boyanın molekülleri, DNA şeritlerine yapışır ve UV ışığının altında floresan oluşturur, bu da bantların jel içinde nerede olduğunu tam olarak gösterir. Dezavantajı avantajına rağmen, etidyum bromürün potansiyel bir karsinojen olması, bu nedenle büyük bir dikkatle ele alınması gerekir. Bu jel ile çalışmanın potansiyel sağlık risklerinden dolayı alternatifler bulunmuştur. 02 SYBR Altın
SYBR Altın boyası, çift veya tek iplikçikli DNA'yı lekelemek veya RNA'yı lekelemek için kullanılabilir. SYBR Gold, etidium bromürün pazara çarpması için ilk alternatiflerden biriydi ve etidyum bromürden daha hassas kabul edildi. Boya, nükleik asitlere bağlandığında 1000 kat daha fazla UV flüoresansı sergiler. Daha sonra kalın ve yüksek oranda agaroz jellerine nüfuz eder ve formaldehit jellerinde kullanılabilir. Bağlanmamış molekülün flüoresanı çok düşük olduğu için, isteme gerekli değildir. Lisans sahibi Moleküler Problar ayrıca (SYBR Gold'un piyasaya sürüldüğünden beri), etidyum bromide karşı daha güvenli alternatifler olan SYBR Safe ve SYBR Green'i geliştirdi ve pazarladı.
03 SYBR Yeşil
SYBR Yeşil I ve II lekeleri (yine Molecular Probes tarafından pazarlanmaktadır) farklı amaçlar için optimize edilmiştir. DNA'ya bağlandıkları için, hala potansiyel mutajenler olarak kabul edilirler ve bundan dolayı dikkatle ele alınmalıdırlar. SYBR Green II, çift şeritli DNA ile kullanımda daha hassastır, diğer yandan SYBR Green II, tek iplikli DNA veya RNA ile kullanım için en iyisidir. Popüler Ethidium Bromide lekesi gibi, bu yüksek derecede hassas lekeler, UV ışığı altında fluoresce. 04 SYBR Güvenli
SYBR Safe, Ethidium Bromide ve diğer SYBR boyalarına daha güvenli bir alternatif olarak tasarlanmıştır. Tehlikeli bir atık olarak kabul edilmez ve genellikle düzenli kanalizasyon sistemlerinden (örneğin drenaja kadar) atılabilir, çünkü toksisite testi akut toksisite olmadığını gösterir. Test ayrıca, Suriye Hamster Embriyo (SHE) hücreleri, insan lenfositleri, fare lenfoma hücreleri ve AMES testinde çok az veya hiç genotoksisite olmadığını gösterir. Leke, görüntülenen DNA'ya daha az hasar veren ve daha sonraki klonlama için daha iyi verim sağlayan bir mavi ışık transilüminörü ile kullanılabilir. 05 Eva Yeşil
Eva Green, diğer boyalardan daha az oranda PCR'yi inhibe ettiği tespit edilen yeşil bir floresan boyadır. Bu, kantitatif gerçek zamanlı PCR gibi uygulamalar için çok yararlı olur. DNA'nın geri kazanımı için düşük erime noktası jelleri kullanıyorsanız, aynı zamanda iyi bir seçimdir. Yüksek sıcaklıklarda çok kararlıdır ve kendi başına çok düşük flüoresansa sahiptir, ancak DNA'ya bağlandığında çok yüksek floresanlıdır. Eva Green'in de çok düşük veya hiç sitotoksisite veya mutajeniteye sahip olduğu kanıtlanmıştır.