Bu tampon DNA'nın elektroforez ayırımı için kullanılır
TBE tamponu, kısıtlayıcı enzim sindirimlerinin küçük ürünleri gibi daha küçük DNA parçalarının (MW <1000) ayrılması için özellikle yararlıdır.
TBE, daha büyük bir arabellek kapasitesine sahiptir ve TAE tamponundan daha net bir çözünürlük verecektir. TAE tamponu Tris baz, asetik asit ve EDTA'dan (Tris-asetat-EDTA) oluşan bir çözeltidir.
TBE genellikle TAE'den daha pahalıdır ve DNA ligasyonu inhibe eder, bu da sonraki DNA saflaştırma ve ligasyon aşamalarının amaçlanması durumunda sorunlara neden olabilir. Aşağıdaki üç basit adımla TBE arabelleğini nasıl yapacağınızı öğrenin. Bu arabelleğin oluşturulması yaklaşık 30 dakikadan fazla sürmemelidir. İşte nasıl:
EDTA'nın Stok Çözümü Hazırlanması
Bir EDTA (etilendiamin tetraasetik asit) çözeltisi, önceden hazırlanmalıdır. EDTA, pH yaklaşık 8.0'a ayarlanana kadar tamamen çözeltiye gitmeyecektir. 500 mililitrelik 0.5 M EDTA'lık bir stok çözeltisi için 93.05 gram EDTA disodyum tuzu (FW = 372.2) tartılır. Daha sonra 400 mililitre deiyonize suda çözün ve pH'ı NaOH ile ayarlayın. Bundan sonra, 500 mililitrelik son hacme kadar olan solüsyonu doldurun.
TBE'nin Stok Çözümünü Hazırlamak
54 g Tris bazı (FW = 121.14) ve 27.5 g borik asit (FW = 61.83) ve her ikisi de yaklaşık 900 mililitre deiyonize su içinde çözülerek, konsantre (5x) bir TBE stok çözeltisi hazırlayın. Daha sonra 20 mililitre 0.5 M EDTA (pH 8.0) ekleyin ve solüsyonu 1 litre son hacme ayarlayın.
Bu çözelti oda sıcaklığında saklanabilir, ancak eski çözeltilerde bir çökelti oluşacaktır. Tamponu cam şişelerde saklayın ve bir çökelti oluştuğunda atın.
TBE'nin Çalışma Çözümünü Hazırlamak
Agaroz jel elektroforezi için, bir TBE tamponu, 0.5x'lik bir konsantrasyonda (konsantre stokun 1:10 seyreltilmesi) kullanılabilir. Stok çözeltiyi deiyonize su içinde 10 kez seyreltin. Nihai çözünen konsantrasyonlar 45 mM Tris-borat ve 1 mM EDTA'dır. Tampon şimdi bir agaroz jeli çalıştırılmasında kullanıma hazırdır.
Neye ihtiyacın var
TBE tamponu yapmak için sadece dört maddeye ihtiyacınız olacak. Bu listedeki diğer öğeler ekipmanlardır. Gereken dört madde EDTA disodyum tuzu, Tris bazı, borik asit ve deiyonize sudır.
Ekipmana gelince, uygun şekilde bir pH metre ve kalibrasyon standartlarına ihtiyacınız olacaktır. Buna ek olarak, 600-mililitre ve 1500-mililitre bardak ya da kaplara ihtiyacınız olacak. Ekipman ihtiyaçlarınızı ortadan kaldırmak, dereceli silindirler ve karıştırma çubukları ve karıştırma plakalarıdır.
Başlamadan önce ihtiyacınız olan her şeye sahip olduğunuzdan emin olmak için kullanacağınız laboratuardaki envanteri kontrol edin. Hiçbir şey, bir çözüm hazırlamanın ortasında durmak zorunda kalmaktan daha kötü değil çünkü uygun malzemelerden kaçıyorsunuz.
Laboratuarınız okulda veya çalışma yerinizdeyse, stoktaki tüm eşyaların olduğunu görmek için uygun personelle görüşün. Bunu yapmak size zaman ve enerji tasarrufu sağlayabilir.